События развиваются спустя 2 года после начала пятилетней миссии.
Экипаж звёздного корабля «Энтерпрайз» во главе с капитаном Джеймсом Т. Кирком был атакован могущественной и опасной волной неизвестных пришельцев, которые уничтожают корабль, оставляя экипаж без всего на новой неизведанной планете, где они оказываются в конфликте с новым безжалостным врагом.